En 1872, l’assyriologue anglais George Smith, en déchiffrant un fragment de tablette d’argile, découvrait l’épopée de Gilgamesh ; avec d’autres archéologues, il se mit donc à chercher, dans les archives du Bristish Museum, des fragments de tablettes susceptibles d’appartenir au poème épique nouvellement découvert ; une première édition des douze tablettes de 300 vers chacune fut publiée en 1891.

D’une vigueur et d’une beauté extrêmes, Gilgamesh, roi de la cité sumérienne d’Uruk, est dieu aux deux tiers et pour un tiers, homme. Il n’a en tête que son propre plaisir et ne s’acquitte pas de sa tâche de roi. Hommes et femmes d’Uruk doivent se tenir prêt nuit et jour pour son seul service. La complainte des femmes parvient jusqu’à Ishtar, déesse de l’amour et patronne d’Uruk, qui décide de rétablir l’ordre dans la cité. Les dieux créent Enkidu, homme primitif et sauvage, qui n’a rien à envier par sa vigueur et sa beauté au roi Gilgamesh. Enkidu est attirée dans la ville par Shamhat (« La Joyeuse »), une courtisane servante d’Ishtar, qui fait en sorte que le sauvage élevé par des animaux se mue en homme civilisé. Enkidu est outré par la conduite du roi ; un violent combat s’ensuit entre les deux hommes, mais aucun n’en ressort vainqueur. Tous deux se lient d’amitié.
Gilgamesh décide de partir en expédition avec Enkidu dans le lointain Liban, pour tuer le géant Humbaba, gardien de la Forêt des Cèdres interdite aux hommes. Il veut être le premier à pénétrer dans cette forêt encore inviolée par les hommes, abattre ses arbres immenses pour en faire les portes et les toits d’édifices somptueux, comme il est d’usage depuis l’époque de Gilgamesh pour un puissant roi de Mésopotamie. Très vite, le courage abandonne Gilgamesh. Le dieu-Soleil permet aux deux amis de tuer le dangereux Humbaba et de s’emparer de ses richesses. Gilgamesh et Enkidu se lancent alors dans d’autres aventures, irritant les dieux par leurs excès ; ils décident de mettre fin à la vie de l’un des deux hommes ; leur choix s’arrête sur Enkidu, aussitôt frappé d’une forte fièvre. Le héros doit mourir dans son lit sans s’être « fait un nom » sur le champ de bataille.
Après les funérailles royales d’Enkidu, Gilgamesh laisse derrière lui sa ville, son pays et toute sa magnificence. Vêtu d’une peau de lion, il erre dans la steppe à la recherche d’Utanapishtim, le seul être humain ayant accédé à l’immortalité. Gilgamesh atteint les confins du monde. Les effrayants hommes-scorpions qui gardent l’accès de « l’itinéraire du soleil » le laissent passer. Pendant douze doubles heures, Gilgamesh parcourt en toute hâte l’itinéraire du soleil autour de la terre. Avant que le soleil brûlant ne le rattrape, il atteint dans l’au-delà un merveilleux jardin de pierres précieuses. Ishtar, la déesse-patrone d’Uruk, l’y attend sous les traits d’une cabaretière (Siduri), et lui indique le chemin conduisant à Utanapishtim.
Gilgamesh croit pouvoir extorquer au héros du Déluge le secret de la vie-sans-fin. Utanapishtim lui raconte comment, suivant le conseil du dieu de la Sagesse, il fut le seul à survivre avec sa famille au Déluge, bien que les dieux eussent décidé d’anéantir l’humanité entière ; les dieux regrettant leur acte, remarquant avec joie que quelques hommes vivent encore, promettent de ne plus jamais autoriser l’extermination des hommes. Cependant, en exilant Utanapishtim dans le pays des immortels, Enlil, le roi des dieux, permet de sauvegarder l’autorité du souverain des dieux et de préserver l’ordre divin. C’est pour cette unique raison – tel est l’enseignement du récit du Déluge – qu’Utanapishtim a accédé à l’immortalité, et non pour une quête égoïste et mesquine. Sans ménagement, Utanapishtim exhorte donc Gilgamesh à assumer enfin sa responsabilité de roi et à veiller au bien-être de ses sujets.
Gilgamesh doit abandonner tous ses espoirs de vie éternelle et rentre à Uruk où il va alors reconstruire les sanctuaires détruits par le Déluge, restés à l’abandon pendant des millénaires, et rétablir les anciennes règles de culte et d’offrandes. C’est seulement à travers son action que sera intégralement restaurée la coexistence bénéfique entre les dieux et les hommes, initiée par la Création et détruite par le Déluge. Sous la protection des murs d’Uruk érigés par Gilgamesh pourra ainsi s’épanouir la grande civilisation mésopotamienne.